注册验船师资格实行注册管理制度。取得资格证书的人员，必须经过注册，方可从事规定范围的船舶检验工作。
交通部、农业部分别为相应类别注册验船师资格的注册审批机构。交通部直属的具有船舶检验管理职能的海事局为注册验船师(船舶和海上设施类)资格的注册审查机构；各省、自治区、直辖市渔业行政主管部门为注册验船师(渔业船舶类)资格的注册审查机构。
《注册证》每一注册有效期为3年。注册在有效期限内是注册验船师的执业凭证。
申请注册人员应同时提交下列材料：
(一)《中华人民共和国注册验船师注册申请表》；
(二)相应类别、级别的《资格证书》；
(三)聘用单位对业务培训、工作经历和检验能力考核合格的证明；
(四)与聘用单位签订的劳动或聘用合同；
(五)注册审批机构规定的其他条件。
初始注册者，可自取得资格证书之日起1年内提出注册申请。逾期未申请者，在申请初始注册时，须符合本规定继续教育要求。
注册有效期届满需继续执业的，应在届满前30个工作日内，按照规定的程序申请延续注册。注册审批机构应当根据申请人的申请，在规定的时限内作出准予延续注册的决定；逾期未作出决定的，视为准予延续。
延续注册需要提交下列材料：
(一)延续注册的《中华人民共和国注册验船师注册申请表》；
(二)相应类别、级别的资格证书；
(三)与聘用单位签订的劳动或聘用合同；
(四)注册期内聘用单位考核合格和完成继续教育的证明材料。
在注册有效期内，注册验船师变更执业单位，应与原聘用单位解除劳动或聘用关系，并按规定的程序办理变更注册手续。变更注册后，其注册证书在原注册有效期内继续有效。
变更注册需要提交下列材料：
(一)变更注册的《中华人民共和国注册验船师注册申请表》；
(二)相应类别、级别的《资格证书》；
(三)与新聘用单位签订的劳动或聘用合同；
(四)工作调动证明，或与原聘用单位解除劳动或聘用关系的相应证明，或退休证明。
注册验船师因丧失行为能力、死亡或被宣告失踪的，其注册证书失效。
